１９８７年医院开始改革医院经营方式，实行“定额补贴，以收抵支，超额有奖，四六分成”的新的医疗经营方式，到了１９９６年，医院又推出了“综合目标管理”的经营方式，将工作量、工作质量、服务态度等纳入到考核中，提高了医院自我发展和经营管理的能力。

    １９９８年２月１０日，区党委、政府调整医院领导班子，试行院长负责制，同年决定区人民医院作为全区医疗工作的三个试点单位之一。上级组织部门授权院班子由院长、书记“组阁”，科室二级班子实行院长聘任制，打破了几十年一贯实行的任命制。１９９９年，区人民医院作为全区事业单位改革试点单位，在人事制度、分配制度、机构改革等方面做了大量的基础性工作，并为进一步推行院长负责制作了准备。

    从１９８４年开始，医院接受中国医学科学院对口支援。到１９９４年的１０年间，大体分为两个阶段：第一阶段以请进来为主，共有五批医疗队，５８人次，包括内、外、妇、儿等专业，在藏工作时间一年；第二阶段以送出去为主，５年间赴全国各地进修近２００人次。１９８４年以来，中国医学科学院与西藏自治区人民医院双方领导多次在北京和西藏两地就援藏的指导思想、组织领导、支援原则和方法等方面进行交流，双方本着“从实际出发，从基础抓起，以培养人才为中心，以技术项目为主，方式灵活多样，注重实际效果”的方针，制定援藏计划。从１９９５年以来，全国医学科学院系统的各医院在完成繁重的医疗、教学任务的同时，放宽条件，优先安排，接受区人民医院派出的各类医疗人员进修８０人次，派遣援藏医疗队４批，１５人次。

    ２０世纪８０年代前，医院的教学工作主要是以院内办卫校、护校，举办各种培训班和学习班，接受区内各地市进修人员为主，后来开始承担大专院校的临床实习、教学任务，教学工作上了一个新的台阶。１９８０年９月，为迎接西藏医学院７７届学生临床实习，医院成立了教学领导小组，后又开始接受西藏自治区护士学校、西藏自治区卫生学校、西藏大学医学专科学校、西藏民院医疗系学生的临床实习和教学。２０多年来，医院一直加强临床教学基地的建设，每年能安排１００余名学生的教学工作，

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